先天性直肠肛门畸形是一种罕见的先天性畸形，通常需要进行全面的检查来确定具体的症状和严重程度。以下是一些可能的检查方法：

1. 体格检查：医生会检查患者的肛门和直肠，以确定畸形的类型和程度。这可能包括检查直肠的完整性、肛门的完整性和直肠的扩张情况。

2. 影像学检查：常用的影像学检查包括X光片、CT扫描和MRI扫描。这些检查可以提供关于直肠和肛门结构的详细信息，以及可能存在的其他异常。

3. 内窥镜检查：直肠镜和肛门镜可以提供更详细的图像，以确定直肠和肛门内部的具体情况。这些检查还可以用于治疗前的准备。

4. 实验室检查：医生可能会进行血液检查和尿液检查，以确定是否存在其他潜在的健康问题。

5. 手术前准备：如果手术是必要的，医生可能会进行术前准备，包括清空肠道和注射药物。

总之，先天性直肠肛门畸形的检查可能包括体格检查、影像学检查、内窥镜检查和实验室检查。具体的检查方案可能因个体差异和畸形类型而异。建议咨询专业医生以获取具体的检查建议。