有多种理论解释重复消化道畸形的致病原因。

一种是消化道再管道化学说，即在胚胎早期再管道化时，腔内的空泡未完全与肠腔融合，导致了重复肠道的发展。

另一种是胎儿期肠憩室残留学说，即在胚胎早期消化道出现许多憩室样外袋，如果这些憩室未退化或有残留，就会发展成囊状物的重复畸形。

还有一种是脊索的发育障碍学说，即在胚胎第三周形成脊索时，内胚层与外胚层发生粘连，导致神经管与肠管分离障碍，进而产生重复消化道。

近年来的血管学说认为，胎儿肠道发育完成后可能发生缺血性梗塞病变，而导致肠闭锁、狭窄和短小肠，乃至形成肠重复畸形。

总之，重复消化道畸形的发病机制是多源性的，可能由不同的病因引起。在临床上，可分为球状型和管状型两类。

球状型约占80%，为一种球形或椭圆形囊肿，可能位于肠壁肌层内或粘膜下，也有贴附在肠壁上向外突出的。而管状型则是并列的双腔管道，长度可自数厘米至数十厘米，或甚至伸延整个结肠。其管壁在组织学上与正常消化道结构相似，具有完整的平滑肌层和粘膜，因而不能剥离。

这些学说提供了不同的解释，但也让该疾病的病理类型变得更为复杂。