肛瘘反复发作的原因可能有多种，以下是一些常见的原因：

1. 细菌感染：肛瘘通常是由于细菌感染引起的。如果不及时治疗，细菌会在肛门周围形成感染并扩散到周围组织中，导致肛瘘反复发作。

2. 肠道功能紊乱：肠道功能紊乱也可能导致肛瘘反复发作。例如，某些疾病、药物或饮食习惯等可能会影响肠道的正常运转，从而导致肛门周围组织感染和发炎。

3. 免疫系统问题：免疫系统问题也可能导致肛瘘反复发作。例如，某些疾病、药物或遗传因素等可能会影响免疫系统的功能，从而使得身体无法有效地清除感染和炎症。

4. 其他因素：其他因素也可能导致肛瘘反复发作，例如手术后的伤口感染、外伤等。

总之，肛瘘反复发作的原因可能很多，需要根据具体情况进行诊断和治疗。如果您有肛瘘反复发作的症状，建议及时就医并接受专业治疗。