肠结核通常由人型结核杆菌引起。偶尔也有人因饮用带菌牛奶或乳制品而患上牛型结核。结核杆菌侵犯肠道的主要途径包括：

1. 血行播散：血行播散是肠结核感染的一种途径，尤其在粟粒型结核中，结核杆菌通过血液传播而侵犯肠道。

2. 邻近结核病灶播散：肠结核还可以由腹腔内的结核病灶直接蔓延而引起，例如输卵管结核、结核性腹膜炎、肠系膜淋巴结核等。这种感染是通过淋巴管的播散发生的。

结核病和许多其他疾病一样，是人体和细菌（或其他致病因素）相互作用的结果。只有在结核杆菌入侵数量较多、毒力较强，并且有机体免疫功能异常时（包括肠道功能紊乱导致的局部抵抗力削弱），才会引发疾病。