巧克力囊肿（Chocolate Cyst）是一种常见的卵巢囊肿，其临床诊断方法主要包括以下几个方面：

1. 病史采集：医生会详细询问患者的病史，包括月经情况、生育史、家族病史等，以了解患者的整体健康状况。

2. 体格检查：医生会进行妇科检查，包括阴道检查、盆腔触诊、子宫及附件触诊等，以了解患者的卵巢囊肿大小、位置、质地等情况。

3. 影像学检查：常用的影像学检查包括B超、CT、MRI等。B超是常用的检查方法，可以清晰地显示卵巢囊肿的大小、位置、内部结构等。

4. 肿瘤标志物检测：肿瘤标志物检测可以帮助医生判断囊肿的性质，如CA125、CA15-3等。

5. 腹腔镜检查：腹腔镜检查是一种微创手术，通过在腹部开一个小切口，插入腹腔镜，观察卵巢囊肿的形态、大小、位置等情况。

6. 组织病理学检查：如果囊肿需要进一步治疗，医生可能会进行囊肿穿刺或手术切除，然后进行组织病理学检查，以确定囊肿的性质和是否存在恶性肿瘤。

总之，临床诊断巧克力囊肿需要综合考虑病史、体格检查、影像学检查、肿瘤标志物检测以及手术切除和病理学检查的结果，以确定治疗方案。