肛瘘是一种常见的肛门疾病，临床上主要通过以下检查方法进行诊断：

1. 肛门检查：医生会通过肛门检查来确定肛门周围有无肿块、糜烂、溃疡等症状。

2. 肠镜检查：医生会使用肠镜对患者的大肠进行检查，以便确定是否存在肠道疾病。

3. 粪便细胞学检查：医生会采集患者粪便样本，并通过显微镜观察其中的细胞形态和数量，以判断是否存在炎症或其他疾病。

4. 血液检查：医生可能会进行血液检查，如白细胞计数、血沉等，以了解患者的免疫系统状况和炎症反应情况。

5. 影像学检查：医生可能会使用X光、CT、MRI等影像学检查方法来确定肛瘘的位置、大小和分布情况。

总之，肛瘘的诊断需要综合考虑多种临床表现和检查结果，以便准确地确定病因并制定相应的治疗方案。