输尿管结石疼痛的原因主要有以下几个方面：

1. 结石移动：当结石在输尿管中移动时，它会摩擦和撞击输尿管内壁，引起疼痛。这种疼痛通常发生在输尿管的上段或中段，可能会伴随着痉挛和绞痛。

2. 结石堵塞：当结石堵塞输尿管时，尿液无法正常通过，导致输尿管扩张和扩张性疼痛。这种疼痛通常发生在输尿管的下段，可能会伴随着恶心、呕吐和发热等症状。

3. 炎症反应：输尿管结石会引发炎症反应，导致输尿管壁水肿、充血和炎症细胞浸润。这些炎症反应会导致疼痛和不适感。

4. 疼痛传导：疼痛信号在神经系统中传导，当输尿管结石引起疼痛时，疼痛信号会沿着神经系统传导到大脑，引发疼痛感觉。

治疗输尿管结石疼痛的方法包括药物治疗、手术治疗和体外冲击波碎石。药物治疗通常包括镇痛药物和抗炎药物，手术治疗包括输尿管镜手术和激光碎石手术，体外冲击波碎石是一种非侵入性的治疗方法。治疗的具体选择取决于结石的大小、位置和患者的健康状况。