月经来后会肚子疼可能是多种原因引起的，以下是一些可能的解释：

1. 子宫收缩：月经期间，子宫会收缩以帮助子宫内膜脱落。这种收缩可能会引起轻微的腹部疼痛。

2. 子宫内膜异位症：如果子宫内膜在子宫外生长，可能会引起子宫内膜异位症。这种情况可能会导致月经期间出现严重的腹痛。

3. 子宫肌瘤：子宫肌瘤是一种常见的子宫内膜异位症。它们可能会引起月经期间严重的腹痛。

4. 子宫内膜异位囊肿：这些囊肿可能发生在子宫内膜异位症中，也可能引起月经期间腹痛。

5. 卵巢囊肿：卵巢囊肿可能是子宫内膜异位症的一种表现，也可能引起月经期间腹痛。

6. 盆腔炎症：盆腔炎症可能导致子宫疼痛，尤其是在月经期间。

如果你的月经来后肚子疼持续存在或严重影响你的生活质量，建议咨询医生进行进一步的检查和诊断。