肛瘘是一种严重的肛肠疾病，临床检查诊断肛瘘通常包括以下步骤：

1. 病史：医生会询问患者的症状，包括排便习惯、粪便颜色和形状、疼痛、瘙痒等。这些症状有助于医生确定肛瘘的可能性。

2. 体格检查：医生会检查肛门周围的皮肤和黏膜，寻找瘘管的出口。医生还会检查肛门内部，寻找瘘管的内口。

3. 直肠指检：医生将一根手指插入患者的直肠，检查直肠壁是否存在瘘管。直肠指检是肛瘘诊断的重要方法。

4. 影像学检查：包括肛门直肠镜检查（即肛门镜检查）和磁共振成像（MRI）。肛门直肠镜检查可以直接观察肛瘘的出口和内口，而MRI可以提供更详细的解剖结构图像。

5. 实验室检查：包括粪便培养和血液检查。粪便培养可以检测是否存在感染，而血液检查可以评估患者的整体健康状况。

6. 手术探查：如果临床检查无法确定是否存在肛瘘，医生可能会进行手术探查。手术探查可以直接观察肛瘘的结构和位置。

综上所述，临床检查诊断肛瘘需要综合考虑病史、体格检查、直肠指检、影像学检查和实验室检查。这些检查可以帮助医生确定肛瘘的存在和严重程度，为治疗提供依据。