怀孕初期半夜肚子疼醒可能是由于多种原因引起的。以下是一些可能的解释：

1. 子宫扩张：怀孕初期，子宫扩张是正常的生理过程。子宫扩张可能导致子宫肌肉的收缩，引起轻微的肚子疼。这种疼痛通常不会持续很长时间，也不会引起严重的不适。

2. 子宫内膜异位：子宫内膜异位是一种常见的妇科疾病，可能导致子宫内膜在子宫内膜以外的部位生长。这种情况可能会引起轻微的肚子疼，尤其是在月经周期的后期。

3. 子宫痉挛：子宫痉挛是一种短暂的肌肉痉挛，可能发生在怀孕初期。这种痉挛可能会引起轻微的肚子疼，通常不会持续很长时间。

4. 消化问题：怀孕初期，子宫扩张可能会导致消化问题，如胃酸反流或消化不良。这些问题可能会引起肚子疼。

5. 其他原因：怀孕初期肚子疼还可能与其他一些原因有关，如子宫肌瘤、子宫内膜异位症、子宫内膜异位囊肿等。

如果你的肚子疼持续存在或伴有其他症状，建议你咨询医生以获取更准确的诊断和治疗建议。