肛瘘手术后遗症可能包括：

1. 疼痛：手术后可能会出现疼痛，特别是在排便时。疼痛可能是由于手术切口的疼痛或瘘管的疼痛。

2. 感染：手术后可能发生感染，特别是在伤口愈合期间。感染可能表现为疼痛、发热、红肿和脓液。

3. 瘘管形成：手术后可能会形成瘘管，这是一个异常的通道，连接直肠和外部皮肤。瘘管可能导致排便困难、排便失禁和疼痛。

4. 伤口愈合不良：手术后伤口可能愈合不良，导致伤口裂开、出血和疼痛。

5. 肛门失禁：手术后可能会出现肛门失禁，即无法控制排便。这可能是由于手术创伤或瘘管形成引起的。

6. 排便困难：手术后可能会出现排便困难，可能是由于手术创伤或瘘管形成引起的。

如果出现这些症状，建议尽快咨询医生，以便进行进一步的评估和治疗。