阴茎根部长出的小痘痘可能是由多种原因引起的。以下是一些可能的原因：

1. 毛囊炎：阴茎根部的毛囊发炎可能会导致小痘痘的出现。这种情况通常伴随着疼痛和瘙痒。

2. 皮脂腺囊肿：皮脂腺囊肿是一种常见的皮肤问题，可能导致阴茎根部长出小痘痘。这些小痘痘通常是白色的，并且可能会有疼痛和瘙痒感。

3. 疱疹：疱疹是一种病毒感染，可能导致阴茎根部长出小痘痘。这些小痘痘通常是透明的，并且可能会有疼痛和瘙痒感。

4. 毛囊角化过度：阴茎根部的毛囊角化过度也可能导致小痘痘的出现。这种情况通常伴随着瘙痒和疼痛。

如果你怀疑自己患有上述任何一种疾病，建议咨询医生以获取更准确的诊断和治疗建议。

如果你只是偶尔出现小痘痘，并且没有任何不适症状，那么可能只是正常的皮肤问题，可以通过保持皮肤清洁和卫生来预防。