宫外孕自然流产的原因有很多种，以下是一些常见的原因：

1. 输卵管异常：输卵管是运送卵子到子宫的管道，如果输卵管异常，如输卵管狭窄、输卵管扭曲或输卵管阻塞，可能会导致宫外孕。

2. 输卵管感染：输卵管感染是宫外孕的一个常见原因。感染可能来自子宫内膜感染、盆腔感染或性传播感染。

3. 子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是一种子宫内膜在子宫外生长的疾病，可能导致宫外孕。

4. 子宫肌瘤：子宫肌瘤是一种在子宫内生长的良性肿瘤，如果子宫肌瘤位于输卵管附近，可能会影响输卵管的功能，导致宫外孕。

5. 避孕失败：避孕失败可能导致宫外孕。

6. 其他：其他可能导致宫外孕的自然流产原因包括妊娠期高血压疾病、妊娠期糖尿病、妊娠期子宫肌瘤破裂等。

宫外孕自然流产的原因可能因个体而异，建议在出现宫外孕症状时及时就医，以便进行进一步的检查和诊断。