支原体肺炎是一种由支原体感染引起的肺部感染。在支原体肺炎的后期，咳嗽可能是由于以下几个原因：

1. 气道炎症：支原体感染会导致气道炎症，引起气道壁的炎症反应，从而导致咳嗽。

2. 气道分泌物：支原体感染会导致气道内的分泌物增加，这些分泌物可能会刺激气道壁，引起咳嗽。

3. 气道痉挛：支原体感染可能会导致气道痉挛，使得气道内分泌物的排出更加困难，从而引起咳嗽。

4. 气道修复：支原体感染可能会导致气道壁的修复，修复过程中可能会产生一些炎症反应，引起咳嗽。

治疗支原体肺炎的咳嗽，通常需要综合治疗，包括使用抗生素来控制感染，以及使用支气管扩张剂和咳嗽药物来缓解咳嗽症状。此外，保持良好的呼吸道卫生习惯，如咳嗽时用纸巾或肘部遮挡口鼻，也可以有助于减少咳嗽的发生。