医院检查先天性癫痫的费用因地区、医院等级、检查项目和治疗方案的不同而有所差异。一般来说，先天性癫痫的检查费用包括以下几个方面：

1. 门诊检查费用：包括挂号费、医生问诊费、检查费、化验费等。这些费用的具体金额可能因医院和地区而异，一般几百元到上千元不等。

2. 影像学检查费用：如脑电图（EEG）、磁共振成像（MRI）、脑功能成像（fMRI）等。这些检查的费用因检查项目和医院等级的不同而有所差异，一般几百元到几千元不等。

3. 基因检测费用：如果怀疑患者患有先天性癫痫，可能需要进行基因检测，以确定是否存在与癫痫相关的基因突变。基因检测的费用因检测项目的不同而有所差异，一般几千元到几万元不等。

4. 治疗费用：如果检查结果显示患者患有先天性癫痫，可能需要进行治疗，如药物治疗、手术治疗等。治疗费用因治疗方案和医院的不同而有所差异，一般几千元到几十万元不等。

总之，先天性癫痫的检查费用因具体情况而异，具体费用需要根据患者的具体情况咨询当地的医院或医疗机构。