肛瘘是一种常见的肛肠疾病，其鉴别诊断主要包括以下几个方面：

1. 病史：了解患者的病史，包括排便习惯、排便情况、疼痛、发热、感染等。肛瘘通常与排便习惯改变、粪便带血、疼痛等症状有关。

2. 体格检查：观察肛周皮肤是否存在红肿、溃疡、脓肿等表现，是否有肛周淋巴结肿大。检查肛管是否存在硬结、瘘管等。

3. 直肠指检：通过直肠指检可以了解肛管和直肠内部情况，包括是否有溃疡、肿块、瘘管等。

4. 影像学检查：如肛门直肠CT、MRI等，可以帮助确定肛瘘的具体位置和形态。

5. 病理学检查：肛瘘的诊断最终需要通过病理学检查来确定。通常需要进行肛瘘切开术，取出瘘管组织进行病理学检查。

总之，肛瘘的鉴别诊断需要综合考虑病史、体格检查、直肠指检和影像学检查，最终通过病理学检查进行确诊。