扁平苔癣的病因和发病机理，在临床上还不是非常明确的，但是有的情况下可能和患者具有一定的家族性的遗传现象有关系。扁平苔藓也可以认为它是一个免疫紊乱，虽然不能规定为是一个自身免疫性疾病，但是它有一些局灶、局部性的免疫的异常，所以认为是跟免疫相关的疾病，受精神因素会影响比较大。口腔扁平苔藓是一种口腔黏膜表浅性、非感染性、慢性炎症性疾病，是口腔黏膜的常见病，临床上发病率在口腔黏膜病科仅次于口腔溃疡。

扁平苔藓是皮肤或黏膜的一种慢性炎症性疾病，具体发病原因不清楚，免疫、遗传、病毒感染、精神神经因素、某些药物等可能与本病的发生及加重有关，部分患者合并有自身免疫性疾病。扁平苔藓是一种慢性皮肤炎症性病变，原因不明，可以累及皮肤、毛囊、指甲、黏膜的慢性苔藓样角化性病变，多发生在中年人。扁平苔藓这种疾病在临床上又叫做扁平红色苔藓，是一种原因不明的慢性或者是亚急性的炎症性的皮肤病。

扁平苔癣的具体形成原因还不是非常明确，但是这种疾病的形成具有一定的家族性的倾向，或者是这种疾病具有一定的遗传性的易感基因，所以如果患者具有这种基因，就有可能在后天的一定因素下，导致这种疾病的发生。出现的原因跟免疫因素相关，遗传也有关系，一些感染病毒，感染念珠菌，幽门螺旋体感染，均会导致扁平苔藓的出现。引起口腔扁平苔癣发的原因不明确，但与精神、内分泌、免疫、感染、遗传等因素有关。