四联疗法就是饮用两种抗菌药物进行调理，抗菌药物的种类是不一样的，主要是根据具体的情况来选择合适的抗菌药物，而且必须饮用足够的疗程，否则也不能够有效地杀除幽门螺旋杆菌。三联疗法就是饮用质子泵抑制剂，配合胶体铋剂，同时配合一种抗菌药物进行治疗。治疗幽门螺旋杆菌，主要就是合理饮用三联疗法或四联疗法进行治疗。饮用药物后也需要定期进行复查。

假如幽门螺杆菌感染以后，导致患者出现了胃溃疡穿孔以及胃出血等并发症时，有可能还需要给予手术治疗，才能缓解症状。大部分患者可能需要使用三联疗法治疗7~14天，极少部分的患者可能需要用药4~8周，部分患者还可能需要联合使用促消化的药物，以及改善胃肠动力的药物，促进疾病的恢复。因此使用药物治疗的疗程，应该要根据个人的耐药情况决定。幽门螺杆菌治疗的时间，需要根据个人情况来判定。

也有一些人感染幽门螺旋杆菌之后并无明显不适症状，不引起相关的上消化道疾病，针对这类患者可暂时无需处理，但针对存在上述上消化道病变的幽门螺旋杆菌感染者，则建议尽早针对幽门螺旋杆菌进行根除治疗。长期感染幽门螺旋杆菌常会导致患者的胃、十二指肠及食管等上消化道出现疾病，例如糜烂性胃炎、胃溃疡、慢性胃炎、十二指肠溃疡、十二指肠炎、胆汁反流性胃炎、反流性食管炎等。另外如果患者长期感染幽门螺旋杆菌，则还容易诱发胃癌，研究表明，幽门螺旋杆菌感染者的胃癌发生率较正常人明显升高。