巧克力囊肿手术是一种常见的妇科手术，通常用于治疗子宫内膜异位症、卵巢囊肿等疾病。手术后，由于切除了一部分卵巢组织，可能会对卵巢功能产生影响。

具体来说，手术后可能会出现以下情况：

1. 排卵障碍：手术切除了一部分卵巢组织，可能会影响到正常的排卵功能。

2. 月经不规律：手术后可能会出现月经不规律或者更加频繁的情况。

3. 生育问题：如果在手术前未采取避孕措施，手术后可能会影响到生育功能。

因此，建议在接受巧克力囊肿手术前咨询医生，了解手术的具体情况和可能的影响，并根据医生的建议进行相应的调整和处理。