结肠炎的治疗多数情况下还是考虑积极的氨基水杨酸类药物治疗，比如说美沙拉嗪，比如说奥沙拉嗪等等，当然还要根据剂型的不同，选择不同的使用方法，有的需要口服，有的需要纳肛等等。还可以应用理中汤合四神丸，起到健脾补肾、温阳化湿的作用，口服驻车丸或乌梅丸，减轻患者的症状。在临床上如果遇到有腹部疼痛、并且有腹泻，腹胀这种患者，如果考虑有结肠炎症可以考虑应用药物肠炎宁进行治疗。

放射性结肠炎主要是由于放射性治疗以后出现了结肠的炎症，治疗起来就比较麻烦，常用的药物是阿司匹林，柳氮磺胺吡啶，另外，可以应用温盐水加激素进行灌肠。如果是缺血性结肠炎要停用可疑的缩血管药物，而且中重度患者可以加用抗生素，一般患有慢性结肠炎是不需要做手术治疗。治疗结肠炎主要的药物是柳氮磺胺嘧啶。

还有中毒性巨结肠，主要见于急性发作和重型的结直肠炎，炎症波及结肠肌层及肌间神经丛，肠壁张力低下，导致肠壁呈阶段性的麻痹，肠内容物和气体大量积聚，引起结肠扩张，这种并发症非常的严重，有时还会危及患者的生命。常见的直肠炎主要表现为肛门下坠感、腹泻、累积后重、血病、粘液便或是粘液浓血便，直肠炎轻者仅是黏膜发炎，重者炎症累及黏膜下层、肌层，甚至直肠的周围组织，有时只是部分的直肠受累，有时直肠全部甚至累及肛门，及性的直肠炎长期不愈，则可以转为慢性直肠炎。直肠炎挺严重的主要有以下几种危害：导致直肠癌，通过直肠的大便其中的病菌和致癌物会经常刺激到直肠，再加上炎症的刺激，直肠炎就有可能转化成直肠癌。