睡醒肩胛骨缝疼痛可能是因为外伤、颈椎病、肩关节炎等原因引起，建议及时明确原因，做针对性治疗。

1、外伤：睡醒肩胛骨缝疼痛可能是因为受到了碰撞、挤压伴有局部韧带或者肌肉损伤，而引起睡醒肩胛骨缝疼痛的症状。这种情况可以对局部使用云南白药气雾剂、活血止痛膏、红花油等药物治疗。

2、颈椎病：颈椎病通常会导致颈部变形，如果颈椎部位神经和血管压迫，使肩胛骨部位血液循环不佳，则可能导致睡醒肩胛骨缝疼痛的现象，这种情况可以配合医生通过针灸、按摩、牵引等方法治疗。

3、肩关节炎症：肩胛骨缝出现了类风湿性关节炎，痛风性关节炎也可能会伴有睡醒肩胛骨缝疼痛的症状，这种情况可以谨遵医嘱口服消炎止痛类药物治疗，如阿莫西林胶囊、布洛芬胶囊、塞来昔布胶囊等。