急性肾盂肾炎和急性膀胱炎的鉴别诊断包括病因、临床症状、检查等。

1、病因：急性肾盂肾炎是因为肾实质和肾黏膜出现了急性炎症反应，多数是由真菌、细菌、病毒等微生物感染引起，病变会发生在肾黏膜部位。急性膀胱炎是因为膀胱黏膜受到病原微生物的侵袭，引起的炎症反应，病变仅局限在膀胱部位。

2、临床症状：急性肾盂肾炎发生时虽然有尿路刺激症状，但同时伴有全身酸痛、头痛、恶心、呕吐、食欲减退、寒战等不适症状。急性膀胱炎的症状多表现为尿路刺激征，如尿频、尿急、尿痛等，全身症状不是特别明显。

3、检查：若通过病因和临床症状，无法鉴别两种疾病，可通过相关检查来鉴别诊断，如尿常规检查、CT检查、B超检查等，通过这些检查能够明确病变的部位。

另外，急性肾盂肾炎通常是遵照医嘱给予注射用头孢曲松钠、头孢克肟颗粒、头孢呋辛酯片等。急性膀胱炎通常是给予碳酸钠片、复方磺胺甲噁唑片、盐酸左氧氟沙星片等。