对于经过联合靶向药物治疗效果不好的患者，还可以采取手术治疗，常见的手术方式包括房间隔造口术和心肺联合移植。一般的治疗主要是针对肺动脉高压引起的右心功能不全和右心衰竭进行处理，还包括对急性肺血管扩张试验阳性的患者使用钙通道阻滞剂治疗。房间隔造口是一种姑息的治疗方法，相比心肺联合移植效果稍差，心肺联合移植可以从根本上解决肺动脉重构和肺动脉高压的问题。靶向药物治疗主要包括4种靶向治疗药物，分别是前列环素类药物、内皮素受体拮抗剂、鸟苷酸环化酶激动剂和磷酸二酯酶－5抑制剂。

肺动脉高压诊断标准是海平面静息状态下右心导管测量平均肺动脉压大于等于25毫米汞柱。目前肺动脉高压分为五大类，第一个大类是动脉性肺动脉高压，动脉性肺动脉高压包含特发性，遗传性，以及未知遗传因素，还有结缔组织疾病，艾滋病感染，门静脉高压，先天性心脏病，血吸虫病，慢性溶血性贫血等导致的肺动脉高压。第二大类是左心疾病导致的肺动脉高压，包括收缩性心功能不全，舒张性心功能不全，心脏瓣膜病等引起的肺动脉高压。第三大类是肺部疾病和低氧血症导致的肺动脉高压。第四大类是慢性血栓栓塞性肺动脉高压。第五大类是未明多因素机制导致的肺动脉高压。

肺动脉高压为左向右分流组先天性心脏病中最常见和重要的并发症，由于肺动脉压力可持续不下降，经肺动脉内高流量、高压力的冲击，日久发生肺小动脉组织学上的变化，肺小动脉管壁厚、内膜增生及血栓形成使管腔狭窄成为肺血管阻力性病变，肺动脉高压进一步增高。此时肺血流量减少，肺动脉压力过高，迫使左向右分流变为右向左分流，临床上出现持续青紫，即使手术矫正畸形，肺动脉压力亦很难下降，预后较差。所以提倡先心病左向右分流组尽量在肺动脉高压不严重或者未出现之前进行手术治疗，矫正畸形。由于肺动脉内血流大量增加而引起肺动脉高压，称之为动力性的肺动脉高压，手术矫正畸形后肺动脉压力可恢复正常。