男性生殖器畸形的诊断需要通过多种方法来确定。以下是一些常见的方法：

1. 外观检查：通过观察生殖器部位，可以发现是否有异常的颜色、形状、大小等。

2. 阴茎尺寸测量：使用一个标准的测量工具，测量阴茎的长度和宽度，以确定是否存在异常。

3. 超声波检查：使用超声波仪器对生殖器进行检查，可以检测到异常的结构和组织。

4. 精液分析：对男性进行精液分析，以确定是否存在异常。

5. 医学影像学检查：如CT、MRI等影像学检查可以帮助医生更准确地诊断男性生殖器畸形。

需要注意的是，这些方法只是初步的诊断手段，还需要结合患者的具体情况进行综合判断。如果怀疑自己患有男性生殖器畸形，应及时就医并接受专业的诊断和治疗。