如果是溃疡性结肠炎，因为疾病带有慢性发作，难治性以及规律性发作等特点，往往不容易自愈，应该长期服用奥沙拉秦、美沙拉嗪、柳氮磺胺吡啶灌肠或者在一定时期内应用激素类药物治疗，可以得到一定的缓解。如果因为致炎因子触发免疫应答的异常引起炎症性肠病，属于非特异性肠道炎症，主要是免疫系统异常病人的症状，治疗可能是漫长的过程。慢性结肠炎在临床上通常没有这样的诊断，因为慢性结肠炎是表现。

结肠炎发病的原因有很多，最常见的就是免疫因素，免疫异常是造成炎症和损伤的内在因素，患者肠黏膜分泌异常，黏液糖蛋白改变，影响肠黏膜的完整性，容易激发一系列抗原特异性的免疫反应以及炎症变化。在临床上，对于结肠炎，它的发病原因与以下因素有明确的关系：自身免疫性因素，很多结肠炎属于自身免疫性疾病，比如说溃疡性结肠炎，克罗恩病等等，也称之为炎症性肠病。结肠炎发病原因并不是很明确，只是考虑结肠炎的发生是由遗传因素，免疫因素，环境因素和感染因素共同作用的结果。

临床当中比较常用的有柳氮磺吡啶、奥沙拉嗪、美沙拉嗪，以及泼尼松、甲泼尼龙、氢化可的松等药物，部分患者如果对激素治疗效果欠佳，并且，有激素依赖时，可以加用免疫抑制剂，缓解症状。如果炎症感染比较严重的时候，在这期间还应该再配合一些消炎的药物，盐酸黄连素或者诺氟沙星，如果腹泻严重的时候，再配合涩肠止泻的药物，蒙脱石散或者是盐酸苯乙哌啶，这种药物能够起到涩肠止泻的作用。结肠炎分类很多，不同类型治疗也不尽相同，需要个体化、综合化治疗。