70%的重症肌无力患者，胸腺治疗后症状可缓解或治愈，但部分患者治疗后效果仍不佳甚至加重，因此还仍需应用药物治疗。胸腺治疗包括胸腺切除术和胸腺放射治疗，胸腺切除术适用于大多数患者，胸腺放射治疗主要用于少数不能进行手术或术后复发的患者。胸腺治疗主要用于伴有胸腺肿瘤、胸腺增生、药物治疗困难者。重症肌无力的治疗方法，除了药物治疗以外，还可有胸腺手术治疗。

还可以通过药物治疗，适当的用一些胆碱酯酶抑制剂，常用的有新斯的明、溴吡斯的明，用药的方法是从小剂量开始逐渐增加，还可以联合使用糖皮质激素，如果糖皮质激素治疗效果不好，可以联合使用免疫制剂，比如硫唑嘌呤、环抱素a等。​首先要对症治疗，出现的眼睑下垂，需要保护眼睛，避免进一步的感染。其次要进行相应的检查进行胸腺ct或者胸腺磁共振的检查，如果有明显的胸腺异常，符合胸腺切除手术治疗指征的，可以考虑手术切除治疗。

还有一部分眼肌型重症肌无力愈后就没有这么好，还可能转化为全身型，表现为吞咽困难，饮水呛咳等咽喉肌无力的症状，或者说是出现一些肢体无力、呼吸无力等全身肌无力的症状。有百分之二十到百分之三十的眼肌型重症肌无力可以自愈，还有百分之二十到三十的在药物治疗后，处于稳定状态。