因为大多数的内镜下息肉切除术或者套扎术或者烧灼术基本上不会进行麻醉，人是在完全清醒的意识下进行，所以手术有时候会引起疼痛。在临床上，纤维结肠镜下进行息肉的切除，一般来说还是有一些疼痛的，但是疼痛时间不长，而且多数情况下都可以自行缓解，患者基本上也可以忍受。另外，如果患者对疼痛比较敏感，还可以进行麻醉下的息肉切除术。所以说在操作时，患者有时候会有一些疼痛，但是多数情况下可以忍受。

肠镜检查可以直视下查看肠道内病灶，并且给予切取病理和治疗，越来越多地应用于临床，然而肠镜检查应当仔细区分肠镜检查前患者的情况，如果是一般患者的常规体检，且肠镜检查后未发现疾病，这时肠镜检查后往往无需特殊注意事项，但是患者如果行无痛肠镜检查后应当注意休息，待完全苏醒后再次离开检查室。开始当天建议进流食，如果是肠梗阻，再行肠镜检查后应当继续禁饮食。

首先肠镜麻醉方法一般分为两种，第一种是做普通肠镜，这种肠镜一般是在局部麻醉或者没有麻醉的状态下进行，这些局部麻醉药物用量一般很小，对身体的损害基本上可以忽略不计。第二种是无痛肠镜技术，这种肠镜是在全身麻醉下进行，这种全身的静脉麻醉药物在麻醉苏醒以后会在短时间内使患者出现一些例如记忆缺失、谵妄的情况，也有病人会在这种麻醉之后出现短暂的头晕、头痛、恶心、呕吐等情况。