男性生殖器疱疹分为原发性与复发性两类：

原发性生殖器疱疹潜伏期2～7天，原发损害是１个或多个小而瘙痒的红丘疹，迅速变成小水疱，3～5天后可形成脓疱，破溃后形成糜烂、溃疡、结痂，伴有疼痛。皮损单发或融合，男性好发于龟头、冠状沟、阴茎体或尿道口，常伴有发热、头痛、乏力、肌痛、腹股沟淋巴结肿大和压痛。症状持续1～2周，一般3～4周皮损结痂、愈合。

复发性生殖器疱疹多在原发感染后1～4个月内复发。复发性生殖器疱疹的临床表现与原发性的相似，但症状轻，皮疹范围小，病程也短，一般在数日内可自愈。复发前1～2天，局部常有刺痒或烧灼感等前驱症状。临床上所见到的复发性生殖器疱疹患者绝大部分为男性。

直肠肛门疱疹病毒感染发生在男性同性恋者。患者肛门直肠疼痛，肛门有分泌物，大便时有里急后重感。