脚趾甲根部疼痛可能由多种原因引起，需要根据具体情况确定病因，采取相应的治疗措施。脚趾甲根部疼痛的常见原因有趾甲内长、软组织损伤、足癣。

1、趾甲内长：当趾甲向内生长，会刺激周围的软组织，引起疼痛，严重时可能导致感染。

如果是因为趾甲内长引起的疼痛，通常无需特殊治疗，可以通过勤修剪指甲来缓解症状，必要时也可以到医院进行手术治疗。

2、软组织损伤：如扭伤、撞击等外伤，会导致趾甲周围的软组织损伤，引起疼痛。对于软组织损伤导致的疼痛，可以使用冰敷或热敷等物理治疗措施缓解疼痛，必要时可以服用止痛药，比如塞来昔布、吲哚美辛、双氯芬酸钠等。

3、足癣：足癣是由真菌引起的皮肤感染，常常出现在趾间皮肤和趾甲上，导致疼痛、瘙痒和脱皮等症状。可以遵医嘱局部使用咪康唑、特比萘芬软膏以及阿莫罗芬乳膏治疗。

除以上原因外，某些神经系统疾病，如神经炎、帕金森病等，或风湿性关节炎也可能导致上述症状。因此，建议尽早就医，查明原因，采取针对性治疗。