巧克力囊肿和卵巢囊肿是两种不同类型的囊肿，它们在病理学上有所不同。

巧克力囊肿是一种卵巢囊肿，通常是一个小的、圆形或椭圆形的结节，直径约为2-4厘米。它通常出现在卵巢的右侧或中央位置，并且通常与子宫相连。巧克力囊肿是一种良性的结节，但如果不及时治疗，可能会导致恶性转化。

卵巢囊肿是一种卵巢组织发生异常增生所形成的囊肿。卵巢囊肿的大小和数量因人而异，通常在5-10厘米之间。它们可以分为单个、多个或无数个，并且可以自行消失或变得更大。卵巢囊肿通常没有症状，但如果它们变得过大或引起疼痛、不孕等症状，就需要进行治疗。

总之，巧克力囊肿和卵巢囊肿都是卵巢组织发生异常增生所形成的结节，但它们的性质和病理学特征略有不同。