临床上以细菌为主，细菌性肺炎常见的检查结果异常包括了白细胞、中性粒细胞、中性粒细胞百分比、C反应蛋白、降钙素原的增加。病毒性肺炎白细胞正常或低于正常，支原体、衣原体引起的肺炎，支原体抗体、衣原体抗体在近期会出现4倍以上的升高。引起肺炎的致病菌包括了细菌、病毒、非典型致病菌、真菌等等。

诊断标准有根据明确的抗原接触史，典型的症状发作特点，胸部高分辨CT具有细支气管炎中心结节斑片磨玻璃影间或伴实变，气体陷闭形成的马赛克征象等特征性表现，肺泡灌洗检查显示明显增加的淋巴细胞可以做出明确的诊断。支气管肺活检取得的病例资料能进一步支持诊断，通常不需要开胸肺活检。过敏性肺炎也称外源性过敏性肺泡炎，是指易感个体反复吸入有机粉尘抗原后诱发的一种主要通过细胞免疫和体液免疫反应介导的肺炎反应性疾病。比如农民肺，鸽子肺，空调器肺等。

还有肺外并发症的，如累及到循环系统而引起心肌炎、心力衰竭，累及到中枢神经系统而引起中毒性脑病，累及到消化系统而引起中毒性肠麻痹、消化道出血，累及到血液系统而引起DIC，引起水、电解质酸碱平衡紊乱的也属于重症肺炎。多个肺叶受累或者有三分之以上的肺部受累的、拍片提示胸腔积液中到重度的、经皮血氧饱和度测定低于92%的也为重症肺炎；一般情况差的、小朋友有拒食或者脱水表现、有意识障碍、呼吸频率明显增快、有发绀表现的为重症肺炎；有呻吟、鼻翼扇动、三凹征的为重症肺炎；