一般建议联合益生菌进行治疗，但是益生菌多数是活菌，所以在治疗过程中一定要和抗生素间隔两小时以上才行，并且慢性的疾病调理一般时间都是比较长的，在疗程上如果看到效果的话，一般最低要一个月以上才行。如果检查明确有慢性的结肠炎，这种情况是可以考虑应用益生菌的，虽然慢性的结肠炎在治疗上多数应用抗生素进行调理，但是长期应用抗生素，可以导致肠道菌群的紊乱破坏。

如果患者症状较为严重并且有出现脓毒血症、败血症等疾病时，也可能需要联合使用糖皮质激素抗炎治疗，促进疾病的缓解，挽救患者的生命。从中医的角度，慢性结肠炎属于一种脾虚的表现，可以口服上述药物缓解。慢性结肠炎可以口服补脾的中成药并且联合益生菌类的药物缓解症状。从西医的角度，慢性结肠炎是一种炎症感染性疾病，因此抗感染治疗是该疾病的治疗关键。

是慢性结肠炎有一部分的原因是由于过敏因素所致，导致过敏性的结肠炎的病变，受个体差异的影响，病人对鱼、虾蟹、牛乳等高蛋白食物容易产生过敏。酸奶中含有乳酸杆菌、双歧杆菌等益生菌，有助于调节肠道菌群，促进消化，是可以口服的。异体蛋白进入人体以后，产生大量的组胺物质，引发过敏反应。受到过敏原的刺激以后，自身免疫然后引起反应，刺激大量的免疫细胞聚集，在消化道黏膜的表面，引起黏膜表面的充血、水肿。