生殖道发生异常并不一定会导致巧克力囊肿，但是有些情况下可能会增加患上巧克力囊肿的风险。以下是一些可能导致这种情况的因素：

1. 子宫颈糜烂：子宫颈糜烂是指子宫颈表面的细胞变得不正常，这可能会导致细菌感染和炎症。

2. 性交过度：长时间的性交可能会对子宫颈组织造成压力，从而增加患上巧克力囊肿的风险。

3. 生殖器疱疹：生殖器疱疹是一种病毒感染，它可以引起疼痛、发热和阴道分泌物等症状。如果不及时治疗，它可能会导致疼痛和炎症，并增加患上巧克力囊肿的风险。

4. 性传播疾病：某些性传播疾病，如淋病和梅毒，也可能导致子宫颈组织受损，从而增加患上巧克力囊肿的风险。

总之，如果您有任何与生殖道有关的健康问题或疑虑，请咨询医生进行诊断和治疗。