灰指甲又叫甲真菌病，对于甲真菌病的治疗，主要采用系统治疗，可以应用伊曲康唑或特比萘芬。口服特比萘芬需要手部甲真菌病连服六周，足部甲真菌病连服十二周。轻度的甲真菌病也可以考虑外用药物治疗，比如阿莫罗芬甲涂剂、环吡酮胺等，对于局限型远端甲真菌病还可外用30%冰醋酸或3%-5%碘酊。伊曲康唑采用冲击疗法，一般是连服要一周后，停药三周，如此重复用药。

除此外，该症状尚可见于外伤、微量元素缺乏、甲营养不良、继发于其他内脏系统或皮肤疾病等。该症状可见于甲真菌病，是由皮肤癣菌、酵母菌及非皮肤癣菌等真菌，侵犯甲板或甲下所引起的疾病。可表现为甲增厚、变形，变白、变灰，或虫蚀样改变。治疗可口服、外用抗真菌药物。

如果出现化脓，需要及时地切开排脓，并充分引流，形成疤痕增生组织时，通常需要行拔甲、并且疤痕增生组织切除，配合口服甚至肌肉静脉注射，头孢类的或者青霉素类的抗生素才能获得治愈。加强换药同时可以配合口服甚至肌肉静脉注射头孢类、尤其是一代头孢或者是青霉素类的抗生素，一般来说多数可以获得症状的缓解，反复发作时通常需要拔甲治疗，并将增生的肉芽组织予以切除，才能获得治愈。剪指甲里面长肉里面肿了并且化脓，需要及时地切开排脓，留取部分的脓液送细菌培养做药敏实验。一般来说出现剪指甲以后，长肉里面发肿，在临床上称为甲沟炎，是因为皮肤破损导致细菌感染，继而形成的肉芽肿。