由于紧急避孕药是高效孕激素且副作用比较大，如果阻止卵巢排卵就打破了卵巢原有的自然排卵规律，会造成内分泌的失调而引起月经失调的情况。紧急避孕药的成分主要是高效孕激素，避孕机理是使子宫内膜出现异常增厚的现象，阻止受精卵着床以达到避孕的目的。高效孕激素也会抑制卵巢排卵，在临床上也会起到避孕的作用。另外口服之后也会导致子宫内膜撤退性的出血，出现阴道流血的现象。

虽然常规避孕药和紧急避孕药在日常生活中都经常使用，但是两者还是有很大区别的，具体有：1.使用目的不同，常规避孕药是为了常规避孕，而紧急避孕药是在遭受意外伤害、进行了无防护性生活或者其他避孕方式失败的情况下采取的一种补救措施；2.作用不同，常规避孕药除了有良好的避孕效果外，还有许多额外益处，比如治疗预防子宫内膜息肉、治疗痛经、治疗子宫内膜异位症等等，而这些都是紧急避孕药所不具备的；3.服用方法不同，常规避孕药要求常规服用，要定时、定量，而紧急避孕药只能在紧急情况下使用，尽量少用，最好不用。一般要求一年不超过三次，1个月内不能有两次；4.药物成分不同，我们国家的常规避孕药是炔雌醇和不同的孕激素组成的复方制剂，而紧急避孕药一般是左炔诺孕酮或者米非司酮。

排卵日同房后吃紧急避孕药仍然是有效的，因为紧急避孕药，除了能够抑制排卵以外，还能够改变子宫内膜的容受性，使子宫内膜与胚胎发育不同步，可以抑制受精卵的着床，虽然有排卵或者已经受精，当受精卵到达子宫腔以后，这个时候的子宫内膜跟平时不一样，可以阻止受精卵在子宫着床，也可以起到一定的避孕效果。但是紧急避孕药只有80%的成功率，它含有大量的激素，可能会导致月经紊乱，副作用比较大，所以不能作为常规的避孕措施来选择，一年内建议使用不能超过三次，一月内只能使用一次。