巧克力囊肿和卵巢囊肿的主要区别如下，首先就是发病因素的不同，巧克力囊肿主要是因为子宫内膜异位到卵巢上，周期性的萎缩坏死而导致，通常都是因为在月经期同房，或者是行剖宫产手术，甚至是其他盆腔手术而诱发导致。卵巢囊肿，一般考虑是卵巢分泌的雌性激素过高，刺激而导致，也有可能是盆腔内有炎症影响，所以在盆腔炎的影响下，也可能会导致卵巢炎性囊肿出现。无论是巧克力囊肿还是卵巢囊肿，都可能出现囊肿的破裂，或者是扭转，而导致急性的下腹部疼痛。巧克力囊肿一般会导致进行性加重的痛经表现，而且还可能会引起女性出现不孕症。

卵巢巧克力囊肿的治疗要根据囊肿的大小，症状的轻重，以及患者的年龄，或者有没有生育要求。卵巢巧克力囊肿是一种激素依赖性的疾病，如果症状比较轻，囊肿比较小，可以先通过药物治疗缓解症状。那么，最佳的治疗方法还是通过手术治疗，切除病灶，恢复解剖结构，而且最好是选择腹腔镜下的手术，目前认为腹腔镜下手术加上手术后的药物治疗是治疗卵巢巧克力囊肿的金标准。但是如果囊肿比较大，尤其是超过5个公分以上的囊肿，同时有生育要求。

在经期一定不能同房和坐浴，避免经期做妇科检查，引起医院性的子宫内膜异位症。巧克力囊肿在饮食上要注意禁生冷、寒凉、辛辣刺激的这些食物。还要适当的活动，避免感冒，加强自身的体质锻炼，加强自身的抵抗力。还是要吃一些含蛋白质、微量元素、矿物质、维生素高的这些食物。