月经干净第三天彩超有个囊肿可能是输卵管积水、卵巢囊肿、输卵管囊肿等原因引起。

1、输卵管积水：输卵管慢性炎症导致输卵管系膜渗出增多出现积水，彩超检查时也可看到囊肿样改变，但患者多会出现月经量增多、痛经等现象。可遵医嘱给予头孢克肟、甲硝唑、奥硝唑等抗生素药物治疗。

2、卵巢囊肿：月经干净第三天，彩超发现囊肿，通常考虑为卵巢囊肿，其发生原因与激素水平、饮食，以及环境有关。需要根据其大小及症状进行处理，如果患者未出现明显症状，可口服屈螺酮炔雌醇片或桂枝茯苓胶囊等药物。如果患者出现腹剧烈疼痛现象，应立即行手术治疗，比如附件囊肿切除术。

3、输卵管囊肿：其发生与输卵管慢性炎症有关，彩超检查时也可看到囊肿样改变。建议发现输卵管囊肿，应及时就医，轻者可遵医嘱使用抗生素药物治疗，比如头孢呋辛酯片等。若囊肿过大，或出现囊肿破裂，则应在医生指导下进行手术治疗。

此外，还可能是子宫腺肌症、子宫肌瘤、宫颈癌等原因所致，建议尽早就医，及时治疗。