小儿百日咳的治疗方法，主要是抗炎处理，同时进行对因治疗，小儿百日咳主要是选择一些抗菌药物，杀灭百日咳杆菌，临床上主要选择大环内酯类的抗生素，比如罗红霉素、阿奇霉素，或者是克拉霉素等。同时可以根据咳嗽的性质，选择一些中枢镇咳剂，或者是止咳化痰类的药物，缓解咳嗽的症状。另外在炎症急性期有发烧的症状，还应该服用一些解热镇痛类药物对症治疗。（药物的使用应在医生指导下进行）

类百日咳综合症是一组原因不明确的，主要以阵发性、持续性、刺激性、痉挛性的咳嗽为主要临床表现的症候群。在临床上的病因并不明确并且与百日咳有类似的症状，但是百日咳主要的病因很明确，是由百日咳杆菌所引起。目前类百日咳综合症发现可能导致病因的病原体有腺病毒1、2、3、5型，呼吸道合胞病毒、副百日咳杆菌以及支气管败血杆菌等，在医学上称之为百日咳综合症。治疗上选择红霉素、阿莫西林、复方新诺明等药物能够起到一定缩短病程的作用，但是治疗的机理还不够明确。

所谓的类百日咳恢复期的表现就是咳嗽的症状,以及频率次数会逐渐减少,咳嗽的程度也会逐渐的减轻.急性期主要是对症治疗，缓解支气管平滑肌痉挛，也应该选择一些抗生素,或者是免疫调节剂缓解自主不舒服的症状。急性期也可以吸氧，吸痰等物理治疗措施，多喝水，不吃刺激辛辣过于油腻的食物，保持室内适宜的温度、湿度。如果痰液较多的话，也可以进行雾化吸入对症治疗，同时每天测量两次体温，恢复期一般不会再次出现发烧症状的。