头孢噻肟和头孢曲松都是有效的抗生素，不存在哪个更好的说法。

头孢噻肟和头孢曲松都属于头孢菌素类抗生素，但它们的分子结构和作用机制略有不同。头孢噻肟通过破坏细菌细胞壁来杀死细菌，适用于治疗多种感染，包括呼吸道、泌尿道、皮肤和软组织感染等。而头孢曲松是一种具有广谱抗菌活性的头孢菌素类药物，它能够杀死细菌并阻止它们的繁殖，主要用于治疗耳鼻喉感染和中耳炎。

由于两种药物的作用机制和药效略有不同，因此它们在临床上的应用范围也有所不同。头孢噻肟适用于多种感染，包括细菌性肺炎、尿路感染、皮肤和软组织感染等。而头孢曲松适用于治疗咽炎、扁桃体炎、中耳炎、鼻窦炎等耳鼻喉感染。

头孢噻肟和头孢曲松在使用过程中都可能产生一些副作用。头孢噻肟可能引起胃肠道不适、头晕、头痛、皮疹等不良反应。而头孢曲松可能导致过敏反应、皮疹、恶心、呕吐等不良反应。

因此，在选择药物时，医生会根据患者的病情和感染类型来判断哪种药物更适合。