巧克力囊肿和卵巢囊肿是两种不同的疾病，它们之间存在一些区别。

首先，巧克力囊肿和卵巢囊肿都是卵巢上的良性肿瘤，但它们的形态、大小、位置等方面存在差异。

巧克力囊肿通常较小，直径只有几毫米到几厘米之间，形状呈圆形或椭圆形。它通常位于卵巢的左侧，在子宫内膜下或附近，不会引起明显的症状。

而卵巢囊肿则可以是较大的肿块，直径可达几厘米甚至更大。它通常位于卵巢的右侧或左侧，也可能出现在其他部位。如果囊肿较大，可能会导致月经失调、疼痛等症状。

其次，巧克力囊肿和卵巢囊肿的治疗方法也有所不同。对于轻度的巧克力囊肿，医生可能会建议保守治疗，如手术并非必要。对于较大的卵巢囊肿，医生可能会建议手术切除。

最后，需要注意的是，虽然巧克力囊肿和卵巢囊肿都是良性疾病，但它们之间仍存在一定的差异。如果您怀疑自己患有这些疾病，请及时咨询专业医生进行诊断和治疗。