出现感染后，机体自动会做出反应，例如：白细胞数量增多，吞噬能力增强，消灭细菌等病原体，然后破裂分解，释放出细胞介素等很多物质，这些物质就是致热源，它们开启机体的更高级的免疫防御，例如升高体温等等。人体的免疫系统，尤其是白细胞计数会增加，它可以吞噬血液或者是组织里面的细菌或者病毒，然后抵抗细菌和病毒，因此会产生发烧。在临床上部分扁桃体发炎的患者是会引起发烧的。

化脓性扁桃体发炎是可以导致咳嗽的，化脓性扁桃体发炎，一般情况下是由于溶血性链球菌感染所导致的全身症状，以及局部症状，患者会出现突发高热，体温在38℃以上，咽喉部疼痛与吞咽痛为主，以扁桃体尤为明显。在这期间还需要适量的多喝一些温开水，不要吃辛辣刺激性的食物，如果吃辣椒或者是喝酒的时候会容易导致扁桃体炎的症状加重。普通感冒以后有时可继发扁桃体炎，如果是轻度的扁桃体炎引起的咳嗽，有的病人不需要特别处理，多休息，多饮水，重者可给予抗生素治疗以及镇咳等处理。

这类并发症以局部较为多见，比如扁桃体周囊肿、咽旁囊肿以及咽喉囊肿，若炎症向上蔓延，还有可能引起急性鼻炎、鼻窦炎以及急性的中耳炎，向下迁延可导致急性喉气管炎、急性支气管炎或肺炎以及颈内静脉血栓性静脉炎等。风湿热循环系统的疾病可以出现急性心包炎、急性心内膜炎和急性心肌炎，其他一些脓毒血症、亚急性的甲状腺炎、急性腹膜炎、急性阑尾炎或急性胆囊炎等，根据具体的情况来进行系统规范分析和处理。局部并发症，炎症可以向扁桃体周围扩散引起扁桃体周围蜂窝织炎、扁桃体周围脓肿。