对于各种不同类型的肛周脓肿，其治疗原则通常是一致的，即最主要的就是及时切开排脓，并做到引流通畅，以及全程的抗炎治疗措施。而不同的只是切开时切口的选择、引流方式的选择以及抗炎药物的选择。

肛门周围皮下脓肿可行单纯的切开，直肠粘膜下脓肿可直接在肠粘膜上作纵行切口并排脓。对骨盆直肠窝脓肿、坐骨直肠窝脓肿、直肠后脓肿等治疗相对较复杂。在治疗肛周脓肿的时候，一般认为要注意以下几点。

①切口要准确，必要时可先行穿刺抽脓，选好切口部位再切开。

②浅部脓肿切口呈放射状，直达脓腔，并挤压脓腔周围使脓液尽可能排完。深部脓肿应做直切口，避免损伤括约肌，切开后以止血钳或蝶型探针做钝性分离，达脓腔，并使脓液排尽。

③引流要彻底，脓肿切开后应以手指探查脓腔，尤其是马蹄形脓肿，应分开脓腔中的纤维间隔，以利引流。对肛门周围皮下脓肿，引流物可选择凡士林纱条或橡胶片，而对深部脓肿的引流则必须使用橡皮管或卷烟引流条。

④抗炎药物的选择很大程度上影响着治疗的成败。对肛周脓肿的急性感染期和手术后初期，抗生素的使用要足量、全程，可使用广谱抗生素，或青霉素、甲硝唑、庆大霉素等联合使用。