慢性附睾炎和睾丸扭转是两种不同的疾病，它们之间有以下几点区别：

1. 病因不同：慢性附睾炎是由于细菌、病毒等引起的炎症反应，而睾丸扭转则是由于扭曲或损伤导致的血液循环障碍。

2. 临床表现不同：慢性附睾炎通常表现为疼痛、肿胀和分泌物等症状，而睾丸扭转则可能出现剧烈的腹痛、发热、黄疸等症状。

3. 治疗方法不同：慢性附睾炎通常需要长期抗生素治疗，而睾丸扭转则需要紧急手术治疗。

4. 预后不同：慢性附睾炎通常是一种良性疾病，但如果不及时治疗，可能会引起并发症。而睾丸扭转则可能导致死亡。

总之，虽然这两种疾病都涉及到附睾和睾丸，但它们的病因、临床表现、治疗方法和预后等方面存在很大差异。