如果巧克力囊肿比较大，需要手术治疗，可以选择腹腔镜保守性手术，保留患者的生育功能，去除卵巢子宫内膜异位囊肿。卵巢巧克力囊肿属于卵巢子宫内膜异位囊肿，可以选择口服药物治疗，或者是手术治疗。一般囊肿在三公分以下，没有症状，可以口服药物治疗，可以口服桂枝茯苓胶囊治疗。手术后要注意保养，可以口服些抗生素类药物治疗。

对于病情比较重，巧克力囊肿比较大的，病情会影响卵巢的正常功能，影响卵泡的正常发育、成熟和排出，就会大大降低受孕的几率，甚至引发不愿该种情况就需要根据患者的具体情况，及时的手术治疗、切除卵巢巧克力囊肿、恢复卵巢功能之后，才能够正常的备孕怀孕生育。如果卵巢存在正常的排卵功能，病情并不严重的情况下，还是能够顺利的受孕生育的。女性主要在经期表现为痛经，也会有一定程度的影响受孕几率。卵巢巧克力囊肿患者主要是子宫内膜异位症的一种类型。

巧克力囊肿手术，一般是在全麻腹腔镜下面进行的，只要涉及到了全麻腹腔镜，基本上费用都在一万以上，具体的手术费多少，每个病人之间会有一定的差异，但是总体差异不会太大。巧克力囊肿手术以后一定要强调终身的管理。如果盆腔粘连很严重，腹腔镜手术无法继续下去，那就有中转开腹的可能，这个费用又会增加。因为巧克力囊肿术后如果不管理，是特别容易复发的。