大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。行走在内外括约肌附近，外口皮肤生长较快，常有假性愈合，引起反复发作。管道的感染多数为脓性感染，少数为结核性。肛瘘的分类方法很多，简单介绍下面两种。

1．按瘘管与括约肌的关系分类

①肛管括约肌间型：约占肛瘘的70％，多因肛管周围脓肿引起。瘘管位于内外括约肌之间，内口在齿状线附近，外口大多在肛缘附近，为低位肛瘘。

②经肛管括约肌型：约占25％，多因坐骨肛管间隙脓肿引起，可为低位或高位肛瘘。瘘管穿过外括约肌、坐骨直肠间隙，开口于肛周皮肤上。

③肛管括约肌上型：为高位肛痿，较为少见，约占4％。

④肛管括约肌外型：最少见．仅占1％。这类肛瘘常因外伤、肠道恶性肿瘤、Crohn病引起。治疗较为困难。

2．按瘘管位置高低分类

①低位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以下。可分为低位单纯性肛瘘(只有一个瘘管)和低位复杂性肛瘘(有多个痿口和瘘管)。

②高位肛瘘：瘘管位于外括约肌深部以上。可分为高位单纯性肛瘘(只有一个瘘管)和高位复杂性肛瘘(有多个瘘口和瘘臂)。此种分类方法，临床较为常用。