功能性消化不良治愈的可能性相对较小，一旦出现不适症状，并且经过进一步检查排除了器质性病变，则需要及时结合药物调控，以免症状持续加重，容易影响生活质量。单纯通过药物治疗效果欠佳者，还可以适当结合抗抑郁药物调理，有效地缓解精神症状。期间主要是通过一般调理，对症治疗，并且还需要遵循个体化治疗以及综合治疗的原则，有效调控。如果年龄较大，并且症状明显，还需要警惕是否有恶变可能性。

如果宝宝拉肚子的情况确诊是因为消化不良引起的，考虑多是因为喂养不当等原因，导致宝宝胃肠功能紊乱引发的一种临床表现，还有可能和宝宝还比较小，消化系统功能尚未发育健全等原因有关。可以适当的使用一些健脾和胃的中成药，配合益生菌类药物进行调理，比如可以使用醒脾养儿颗粒配合双歧杆菌进行治疗。如果宝宝腹泻症状较为明显，还可以配合蒙脱石散等一些止泻对症的药物一治疗。

有些患者会由于饮食习惯的问题，比如说经常暴饮暴食而引起的消化不良的症状，这种情况要从饮食方面进行调整。另外，如果患者是由于胃肠方面的疾病，比如说胃溃疡、十二指肠溃疡、急慢性胃炎等情况引起的消化不良、大便次数增多的情况。一般患者由于经常喜欢吃生冷、油腻、刺激性的食物而引起的患者会出现消化不良的一些症状。消化不良的患者会导致大便次数增多、大便不成形而且有残渣等情况，这种情况是消化不良的一种正常表现。