跑步时屁股疼可能是乳酸堆积、梨状肌综合征、臀部筋膜炎等原因引起，应根据病因对症治疗。

1、乳酸堆积：跑步时会锻炼到屁股周围的肌肉，如果跑步时间比较长，就会导致肌肉过度劳损，分泌大量乳酸，引起酸胀、疼痛感，可以通过局部热敷和按摩促进乳酸消退，从而缓解不适症状。

2、梨状肌综合征：过度运动、受到刺激容易引起梨状肌综合征症状加重，会导致局部的坐骨神经受压，引起疼痛，可以在医生指导下口服双氯芬酸钠片、甲钴胺片等药物治疗。

3、臀部筋膜炎：跑步时会导致臀部肌肉拉伸，有可能会引起筋膜炎，而引起疼痛，可遵医嘱口服塞来昔布胶囊、布洛芬缓释胶囊等药物。

除上述原因外，也可能是骶髂关节炎、髋关节炎、腰椎间盘突出症等疾病导致，如果症状比较严重，应积极就医，查明原因后进行针对性的治疗。