抑制巧克力囊肿的药物主要是通过调节激素水平来达到治疗效果的。常用的药物包括：

1. 雌激素：可以通过口服或注射的方式给予，可以增加女性体内的雌激素水平，从而减轻子宫内膜异位症和多囊卵巢综合征等疾病的症状。

2. 甲状腺素：可以通过口服或注射的方式给予，可以调节女性体内的甲状腺激素水平，从而改善月经不调、乳房胀痛等症状。

3. 皮质类固醇：可以通过口服或注射的方式给予，可以减轻多囊卵巢综合征等疾病的症状。

需要注意的是，这些药物都有一定的副作用和禁忌症，如果您正在服用其他药物或有特殊情况，请在医生指导下使用。