目前导致卵巢巧克力囊肿的病因，其实不是特别明确，只能考虑可能是由于多次妊娠和分娩，人工流产或者是慢性的盆腔炎症，甚至是由于在月经期同房等原因导致，而具体的原因没办法进行确诊判断。由于卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上形成，所以就会导致进行性加重的痛经表现，而且囊肿过大还会影响生育功能，甚至是出现囊肿的破裂。一般在囊肿超过5公分以后，多需要考虑行腹腔镜手术将其切除，而且在术后还需要使用曲普瑞林来预防巧囊的复发。

如果采用传统的中西医结合方法进行腹腔镜治疗效果不明显，且手术不易切除病灶，则可采用腹腔镜手术或根治性手术，主要是子宫切除术进行治疗。如果卵巢巧克力囊肿的直径超过3厘米，并且有生育要求，那么可以进行腹腔镜囊肿摘除。"选择治疗卵巢巧克力囊肿的方式要看具体严重程度、囊肿的大小、生育能力和年龄有关。还可以进行保守手术和半保守手术，保守性手术可以保留子宫的生育力，去除增大和破坏的病变，半保守性手术可以控制疼痛和保留卵巢功能。

临床上所说的巧克力囊肿，即子宫内膜异位性囊肿，是指正常的子宫内膜异位到卵巢表面所引起。外在型子宫内膜异位症是，有正常功能子宫内膜生长到卵巢，随月经周期，子宫内膜剥脱、出血，形成巧克力囊肿，也叫做子宫内膜异位囊肿。巧克力囊肿多数表现为双侧卵巢均可发现，可导致盆腔、输卵管黏连，引起不孕症。卵巢囊肿一般在腹腔中比较轻，活动度较好，不像巧克力囊肿可导致盆腔广泛的黏连，这是最主要最大的区别。