慢性心房颤动的患者最常见的并发症是体循环血栓栓塞，特别是脑卒中，房颤和脑卒中在风湿性心脏病的患者当中的关系早已明确，而近年来也逐渐意识到非瓣膜性房颤同样也是脑卒中的危险因素。非瓣膜性房颤的患者脑卒中的危险性是其他患者的5~6倍，除了脑卒中之外，房颤也和其他部位的血栓栓塞有关系。房颤患者外周血栓塞的风险是非常患者的4.0倍到5.7倍，最常见的是肢体的血栓栓塞，占外周血管栓塞的61%，特别是下肢，其中半数在髂动脉，另外有一半在腘动脉和胫动脉，随后是肠系膜动脉栓塞、盆腔动脉栓塞等。

通过心脏射频消融手术治疗的办法，可以将房颤得到治愈的效果，而且不容易复发。只能通过控制心室率，防止血栓的形成，改善患者的症状，这种情况并不能得到一种治愈的效果。而对于一些慢性长期发作的房颤，通过射频消融手术治疗的方法，往往治疗效果不佳。对于阵发性房颤的患者，如果心脏结构是正常的，没有其他一些危险因素，例如糖尿病、高血压，以及过于肥胖等等。

心房颤动在临床中比较首选的药物是胺碘酮，这种药物属于三类抗心律失常药，可以使心律失常，比如房颤得到转复，成功率大约在60%左右，胺碘酮致心律失常发生率比较低，是目前常用的维持窦律的首选药物，特别是一些合并器质性心脏病的病人，同时胺碘酮这种药物对于心律失常的电重构有一定抑制作用。如果心房颤动发生时间超过24小时，就容易出现电重构的情况，胺碘酮对于这种电重构有一定抑制作用，从而延长了心房颤动发生的时间，从而有利于缓解心房颤动，维持窦律。所以临床中比较常用胺碘酮，但需要排除一些禁忌症，比如肺纤维化，同时一些甲状腺疾病不建议首选胺碘酮。